这件事闹得不可谓不大，但因为当时齐楚浙三党在朝中的势力高过东林党，且深知李成梁这一做法背后的原因，因此出面保下了李成梁。但万历三十六年时，被认为是东林党重要人物的叶向高成了首辅后，这件旧事就又被翻了出来。
在强大的舆论压力下，万历帝决定派遣御史前往辽东查明真相，此时立场显得相对中立的熊廷弼就被推了出来。
到达辽东后，熊廷弼在那里展开了长达半年的实地调研，最后查清了李成梁和赵辑放弃领土、驱民迁徙的全过程。
不懂党争，或者说不愿意参与党争，只担忧国家利益的熊廷弼十分气愤，列举出了李成梁和赵辑的八大罪状，并上疏要求对其进行严惩。
理想很丰满，现实很骨感，实际上完全清楚其中内幕的万历帝朱翊钧当然没有理会严惩这个说法。他甚至没有将熊廷弼的奏章下发给大臣讨论，而是直接下了一道诏书，称赞李成梁“镇辽年久有功，应予以恤典”，然后就让李成梁体面地“退休”了。
这是朱翊钧分不清是非曲直吗？当然不是，这只是一种权术上的折中，算是给了东林党一个说法，又不至于彻底得罪齐楚浙三党。
事实上，他是故意维持朝廷内部的党争局面，使双方都无法摆脱皇权的控制，相应的也就不能形成合力对皇帝过多的干涉。归根结底，这背后是君权与臣权的较量。
严惩意见虽然没被采纳，但是熊廷弼倒也没有丧失积极性，他很快又对辽东进行了实际的军事考察。
当时辽东的土地上，明朝、漠南蒙古和女真三大军事势力相互斗争，且停留在或战或和、关系不明朗的阶段。然而，尽管局势暧昧不明，熊廷弼却清醒地认识到，努尔哈赤领导下的建州女真给明朝带来的威胁要远远大于蒙古。
他指出，蒙古虽强盛，却“不过抢掠财物，无远志”，而建州女真饮食性情与明朝相近，“志在我土地”——后来的事实显然证实了这一点。
为了更好地防御努尔哈赤领导的建州女真，熊廷弼提出了整顿军纪，实内固外，以夷制夷的主张。而在任期的三年里，他也是这么执行下去的。
辽东疆域先后修建起了七百多里的城墙和大批的城池墩台，高高筑起了一道防线。大片荒地被开垦出来并种上了作物，辽东的粮食收成每年达到了上百万石之多，于军于民都是功德。
由于熊廷弼深知此时辽东明军因为援朝抗倭等战争的损耗，实力已然大不如前，因此他主张军队以守为主，得到了整肃
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